Культ крокодила существовал еще в Древнем Египте. В далекие времена в оазисе Ливийской пустыни, к западу от долины Нила, на берегу озера Мерис стоял город Шедит. Греки окрестили его Крокодилополь. Главным божеством города и всего приозерного оазиса был Себек — бог-крокодил. У него было несколько ипостасей: жители оазиса изображали Себека в виде человека, либо в виде крокодила с пышной сложной короной, либо в виде рептилии с человеческой головой. Хвост его был тьмой, а глаза — светом. Бог-крокодил считался сыном богини Нейт, прародительницы богов, людей и крокодилов. Себек управлял водным царством и делал землю плодородной. Кроме того, египтяне поклонялись крокодилу как провозвестнику наводнений, так как животное при увеличении притока воды спускалось вниз по течению.

Плутарх считал, что древние египтяне сделали крокодила символом божества потому, что глаза у него покрыты тонкой прозрачной мембраной, то есть, невидимый, он способен видеть все, как и подобает богу.

Во времена греческого владычества эллинизированные египтяне и греки обращались к Себеку с молитвами об излечении болезней, о помощи в преодолении жизненных трудностей. Культ Себека пользовался особой благосклонностью египетских царей XII династии, Птолемеев и римских императоров.

Но отношение к богу-крокодилу у древних египтян было неоднозначным. В мифах тех мест, где животное почитали, Себек выступал помощником верховных богов Ра и Осириса в борьбе с силами мрака. Считалось, что его свирепость отпугивает от богов силы зла. Таким было отношение к божеству в Фаюме, западной части Дельты, Верхнем Египте, на месте современного Ком-Омбо. Там же, где крокодил не обладал хорошей репутацией, Себек считался богом, враждебным Ра и Осирису. Для защиты от крокодилов составляли специальные магические формулы, заклинавшие чудовищ не вредить человеку и животным.

Помимо Себека, в нижнеегипетском Атрибисе поклонялись богу-крокодилу Хентехтаю, который вскоре принял облик и сущность бога-сокола Гора.

В местностях, где крокодила почитали, животных содержали при храмах, окружали почетом и молились им, подносили жертвенные яства, изображали на гербах и знаменах. Умершего крокодила бальзамировали и торжественно хоронили. Археологи находят немало захоронений, в которых находятся тысячи мумий взрослых крокодилов и детенышей, а также пропитанные смолою и засушенные яйца. В Ком-Омбо обнаружили настоящий крокодилий некрополь. Множество мумий крокодилов хранятся в Каирском музее, несколько древних экземпляров есть в парижском Лувре.

Почитали крокодилов и в других странах. У племен Центральной Америки первый из 20-ти знаков дня назывался в честь крокодилоподобного пресмыкающегося (у ацтеков — сипактли, у майя — имикс) и считался знаком, предвещающим плодовитость и богатство, приносящим детям благословение, счастье и силу.

В Африке и сейчас существуют племена, считающие крокодила своим предком. По этой причине покушение на его жизнь расценивают как страшное преступление.

В некоторых местностях юго-восточной Азии крокодилы до сих пор считаются священными.

В Китае с древних времен аллигатор пользуется почтением как живое воплощение дракона — символа императорской власти. Встретить аллигатора, по мнению китайцев, — к удаче. Однако встретить китайского аллигатора непросто. Это животное является редчайшим из крокодилов: его численность составляет всего около тысячи особей.

Индийцы считают священным, охраняемым богом Вишну гавиалу. Этот вид крупных крокодилов с очень узкими и длинными челюстями в основном обитает в священных водах Ганга. Несмотря на устрашающий вид, гавиалы питаются рыбой.